中交上海港湾工程设计研究院有限公司（中交上海三航科学研究院有限公司）是中交第三航务工程局有限公司的下属单位，是华东地区港湾工程建设的重要科研设计机构，中交上海三航科学研究院有限公司的前身为1957年建立的局中心试验室。1960年2月，为加强对筑港工程的技术试验研究工作，成立上海筑港工程局港工科学研究所。1978年11月更名为交通部第三航务工程局科学研究所，1991年三航科研所与设计所合并成立三航局设计科研所，1994年更名为上海港湾工程设计研究院，并继续使用交通部第三航务工程局科学研究所的名称。2002年经中港集团批准交通部第三航务工程局科学研究所更名为上海第三航务工程局科学研究所。2006年随着中交集团整体上市，我院改制为一人有限责任公司，上海港湾工程设计研究院更名为中交上海港湾工程设计研究院有限公司（简称港湾院），上海第三航务工程局科学研究所更名为中交上海三航科学研究院有限公司（简称科研所）。
　　我院是中交第三航务工程局有限公司的设计研发中心，是国内港口工程建设的重要设计科研机构。拥有水运工程设计甲级、工程咨询乙级资质。获劳氏质量认证有限公司ISO9001：2000 GB/T19001-2000质量管理体系认证及ISO14001：2004；GB/T24001-2004 OHSAS18001：2007环境和职业健康安全管理体系。主要从事港口、航道、土建、公路、桥梁等工程技术研究和工程项目综合设计。全院设有岩土工程研究室、工艺自动化研究室、工程结构研究室、工程材料研究室四个专业研究室和设计所、设计三所、设计四所、设计自动化研究所以及交通水运公司、检测公司、申航公司三家控股子公司，现有职工近200人，拥有各类专业技术人员160余人、各类仪器设备940余台。
    我院为国内外多项重要工程建设提供了高质量的技术服务和技术支持，仅2000年至今，完成的交通部、集团公司、上海市和三航局的科研项目就近80项，特别是为洋山深水港、东海大桥、杭州湾跨海大桥等特大型工程中的大管桩、高性能混凝土、防腐材料的运用提供了有效的研发、技术服务。多项科研项目获得国家、交通部和上海市的奖项，其中大直径预应力混凝土管桩制造与应用获“六五”国家科技攻关成果奖、大直径预应力混凝土管桩的研究与应用获交通部科技进步二等奖、三股钢绞线大管桩研制开发获交通部技术进步二等奖、大直径预应力混凝土管桩新品种开发与应用研究获上海市科技进步一等奖、东海大桥承台套箱裂缝成因分析及其控制方法研究获中国港湾院有限集团技术进步一等奖。
　　我院具有大中型沿海港口工程，外海大型、中型码头和大中型修造船厂水工工程设计能力。先后设计了镇海石化杨公山15万吨级码头、镇海石化算山15万吨级码头、上海振华港机6万吨级重件泊位、舟山能源集团六横岛PX项目25万吨级码头、杭州余杭港崇贤作业区港区工程、水山造船6.5万吨级修造船码头、浙江永跃修造船基地30万吨级船坞等大型工程。其中主持设计的镇海石化总厂算山码头扩建15万吨级泊位工程获得国家优秀设计铜奖、舟山电厂卸煤码头工程获交通部优秀设计铜奖、上海石化总厂海运码头工程获交通部技术进步二等奖。参与编制了交通部的部分设计规范，在水运专业设计领域基本形成独特的技术核心能力。
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